Kuriantis nepriklausomai Lietuvos Respublikai, Lietuvos Taryba ėmėsi spręsti šalies archyvų klausimus. 1918 m. sausio 16 d. buvo įsteigta Archyvų ir aktų sutvarkymo komisija, kurios nariais paskirti J. Basanavičius, A. Petrulis, vėliau ją papildė M. Biržiška. 1918 m. lapkritį Lietuvos Tarybos pavedimu Švietimo ministerija sudarė komisiją archyvams, bibliotekoms ir muziejams perimti iš besitraukiančio vokiečių okupacinės administracijos. Komisijos nariai buvo J. Basanavičius, M. Biržiška ir T. Vrublevskis. Komisijos rūpinosi archyvų „organizaciniu sutvarkymu“, rinko žinias apie archyvus Lietuvoje, dėjo pastangas grąžinti Pirmojo pasaulinio karo metu į Rusiją išvežtus dokumentus.

1919 m. pradžioje įsikūrė Valstybės archeologijos komisija, kurios steigiamasis susirinkimas įvyko 1919 m. gegužės 28 d. Kaune. Komisija rūpinosi kultūros bei istorijos paminklų, taip pat archyvų, bibliotekų, muziejų išsaugojimu. Komisijos nariais buvo T. Daugirdas, A. Janulaitis, K. Šaulys, E. Volteris, K. Jablonskis. E. Volteris vienas pirmųjų iškėlė mintį apie Centralinio archyvo įsteigimą. 

Valstybės archeologijos komisija

1919 m. rugpjūčio 18 d. buvo išleistas Valstybės archeologijos komisijos įstatymas, suteikęs archyvų išsaugojimui teisinį pagrindą. Lietuvos švietimo ministerijos 1920 m. sausio 27 d patvirtintuose Valstybinės archeologijos komisijos įstatuose buvo skelbiama, kad valstybinių įstaigų ir privačių asmenų archyvai yra saugomi valstybės.

Valstybės archeologijos komisijos įstatymas

 1919 m. spalio 31 d. komisija perėmė Lietuvos vidaus reikalų ministerijos žinioje buvusį Kauno gubernijos įstaigų archyvą Totorių gatvėje. Pastate buvo įrengtos dokumentų saugyklos. 1919 m. birželio 27 d. ir gruodžio 22 d. Kauno miesto ir apskrities komendanto įsakymais buvo reikalaujama atnešti dokumentus į Valstybinį muziejų. Antrajame įsakyme pirmą kartą dokumentuose buvo paminėtas Centralinis knygynas-archyvas. Jo vadovas E. Volteris neretai raštus pasirašydavo kaip Centralinio valstybės archyvo direktorius. 

Pradžioje dokumentai buvo saugomi Valstybiniame muziejuje Kaune, pritrūkus vietos – ir kunigų seminarijoje. Valstybės archeologijos komisija 1921 m. pradžioje gavo Lietuvos krašto apsaugos ministerijos sutikimą perkelti archyvą į Kauno VII fortą.

Kauno VII fortas

 Tolesnis Lietuvos valstybinio archyvo kūrimo ir dokumentų kaupimo etapas susijęs su 1920 m. liepos 12 d. Lietuvos Respublikos ir Sovietų Rusijos Taikos sutarties vykdymu. Pagal šią sutartį 1921 m. į Lietuvą buvo sugrąžinta didžioji dalis Rusijoje buvusių archyvų, išskyrus Lietuvos Metriką. Archyvų kaupimo reikalus tiesiogiai pradėjo tvarkyti Lietuvos švietimo ministerija. Archyvo steigimas nebuvo įformintas teisės aktu, rėmėsi tik komisijos įstatymu ir taisyklėmis.

1921 m. rugsėjo 1 d. kuriamo archyvo direktoriumi buvo paskirtas teisininkas K. Oleka. 1921 m. spalio 19 d. Lietuvos švietimo ministerija išleido įsakymą apie Centralinį valstybės archyvą. Ši diena laikoma oficialia valstybinio archyvo įkūrimo data. 

Švietimo ministerijos įsakymas dėl Centralinio valstybės archyvo įsteigimo

Centralinis valstybės archyvas perėmė didžiąją dalį Valstybės archeologijos komisijos funkcijų, susijusių su archyvų kaupimu, apsauga ir globa. Centralinio valstybės archyvo statutas numatė, kad archyvas turi saugoti visus iki Lietuvos Respublikos sukūrimo veikusius valstybinių ir savivaldybių įstaigų archyvus, kaupti nereikalingus darbui bei likviduojamų įstaigų archyvus, taip pat privačių asmenų ir visuomeninių organizacijų dokumentus, turinčius valstybinę, visuomeninę ir mokslinę vertę.

Nepriklausomos Lietuvos laikotarpiu archyvo saugyklos plotas buvo 2000 m², 6315 tiesinių metrų lentynų, saugota daugiau kaip 600 fondų, apie 0,5 milijono bylų. Seniausi buvo XVI amžiaus dokumentai. Archyvo darbuotojai tvarkė fondus ir aprašė bylas, asmenims ir įstaigoms buvo išduodami dokumentų nuorašai, išrašai ir pažymėjimai. 1929 m. archyve pradėjo veikti skaitykla.

Lietuva buvo vienintelė valstybė Europoje, neturėjusi Archyvų įstatymo, ir tai apsunkino archyvo darbą. Įstatymas buvo pradėtas ruošti tik 1935 m., o priimtas jau sovietų okupuotoje Lietuvoje 1940 m. rugpjūčio 20 d.

Nepriklausomoje Lietuvoje be K. Olekos Centraliniam valstybės archyvui vadovavo K. Andrejevas (1922–1935 m.) ir J. Stakauskas (1935–1940 m. liepos 31 d.), kuris atgavus Vilniaus kraštą taip pat ėjo ir Vilniaus valstybinio archyvo vedėjo pareigas.

Sovietų Sąjungai okupavus Lietuvą, jau 1940 m. rugpjūčio mėnesį visus Lietuvos archyvus pradėjo kontroliuoti Lietuvos TSR vidaus reikalų liaudies komisariatas (NKVD). Pirmosiomis okupacijos dienomis archyvo patalpos Kauno VII forte buvo perduotos TSRS kariniams daliniams, o archyvas perkeltas į Pažaislio vienuolyną. 1940 m. rugpjūčio 1 d. archyvo vedėju buvo paskirtas K. Jablonskis. 1940 m. rugpjūčio 16 d. Lietuvos TSR Ministrų Taryba nutarė Vilniaus valstybinį archyvą pertvarkyti į Centrinio valstybinio archyvo (Kaune) Vilniaus skyrių. Skyrius nuo 1940 m. rugpjūčio 26 d. buvo pavaldus NKVD Archyvų skyriui, kuriam vadovavo NKVD kapitonas V. Nornov. 1941 m. sausio 23 d. archyvo direktoriumi buvo paskirtas J. Stonkus. 1941 m. sausio mėn. Centrinio valstybinio archyvo (Kaune) Vilniaus skyrius buvo pertvarkytas į Lietuvos TSR centrinį valstybinį archyvą, Kaune liko jo filialas. Tuo metu buvo įslaptinti Lietuvos Respublikoje veikusių valstybinių įstaigų, organizacijų dokumentai, kuriems saugoti ir tvarkyti įsteigtas Slaptų fondų skyrius. Dalis Slaptų fondų skyriaus dokumentų buvo išvežti į Sovietų Sąjungą, vėliau tik dalis jų grąžinta.

Nacių okupacijos laikotarpiu (1941–1944 m.) Centrinis valstybinis archyvas tęsė veiklą, buvo vadinamas Vilniaus valstybiniu archyvu. 1941 m. birželio mėn. archyvui vadovavo I. Pabrinkytė, nuo liepos mėn. – J. Stakauskas. Lietuvos Respublikos ir sovietinių įstaigų archyvus Vokietijos specialiosios tarnybos perėmė savo žinion. Centrinis valstybės archyvas vadovavosi iki 1940 m. birželio 15 d. išleistais įsakymais ir taisyklėmis. Lietuvos archyvai buvo pavaldūs Ostlando reichskomisariato patarėjui archyvų reikalams. Archyvais galėjo naudotis tik vokiečiai ir tik su specialiais leidimais. Tiesiogiai archyvų darbą prižiūrėjo Vidaus reikalų valdybos administracijos departamentas Kaune.

Prasidėjus antrajai sovietų okupacijai, 1944 m. liepos mėn. archyvas dar kartą tapo pavaldus Lietuvos TSR NKVD (nuo 1946 m. kovo mėn. – ministerijos) Archyvų skyriui ir vėl buvo pavadintas Lietuvos TSR centriniu valstybiniu archyvu. Archyvo veiklą kontroliavo TSRS vidaus reikalų ministerijos Vyriausioji archyvų valdyba. 1945 m. buvo pradėta pildyti specialiųjų fondų kartoteka, remiantis Slaptų fondų skyriaus išduotais pažymėjimais buvo sudaromos baudžiamosios bylos nepriklausomos Lietuvos ir nacių okupacijos laikotarpių politiniams veikėjams, tarnautojams, partijų ir visuomeninių organizacijų nariams. Slaptų fondų skyrius panaikintas tik 1965 m., tačiau slapti fondai ir toliau buvo saugomi atskirose saugyklose.

Dokumentų saugykla Pranciškonų bažnyčioje Trakų g.

 Nuo 1960 m. rugsėjo 21 d. Lietuvos TSR centrinis valstybinis archyvas buvo pavaldus Archyvų valdybai prie Lietuvos TSR Ministrų Tarybos, nuo 1980 m. birželio 30 d. – Vyriausiajai archyvų valdybai prie Lietuvos TSR Ministrų Tarybos. Sovietų okupacijos metais archyvas kaupė, saugojo ir tvarkė respublikinės reikšmės dokumentus, jų apskaitą, rūpinosi dokumentų restauravimu ir konservavimu, organizavo valstybinių įstaigų, įmonių ir organizacijų dokumentų atranką valstybiniam saugojimui, atliko saugomų dokumentų vertės ekspertizę, kontroliavo žinybinių archyvų veiklą ir raštvedybos tvarkymą, asmenims ir įstaigoms buvo išduodami dokumentų nuorašai, išrašai ir pažymėjimai.

Archyvo darbuotojai prie dokumentų saugyklos Pranciškonų bažnyčioje

Sovietų okupacijos metais archyvui vadovavo T. Semionova (1945 m. vasario – gegužės mėn.), vyresnysis leitenantas Ch. Salimov (1945–1952 m.), O. Kalinina (1952–1953 m.), H. Deksnys (1953–1957 m.), G. Valinskienė (1959–1960 m.), V. Daunienė (1962–1986 m.), A. Piliponis (1986–1997 m.).

1990 m. kovo 11 d. atkūrus Lietuvos Respublikos nepriklausomybę, archyvas pavadintas Lietuvos centriniu valstybiniu archyvu ir tapo pavaldus Vyriausiajai archyvų valdybai prie Lietuvos Respublikos Ministrų Tarybos, nuo 1990 m. balandžio 18 d. – Lietuvos archyvų generalinei direkcijai prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės. 1990 m. vasario 13 d. buvo priimtas Lietuvos archyvų įstatymas. Lietuvos archyvų generalinės direkcijos 1990 m. liepos 25 d. įsakymu Lietuvos centrinis valstybinis archyvas pavadintas Lietuvos valstybiniu archyvu. Nuo 1993 m. gegužės 28 d. archyvas turi dabartinį pavadinimą – Lietuvos centrinis valstybės archyvas. 1994 m. balandžio 29 d. visi archyve esantys fondai buvo išslaptinti. Nuo 1995 m. balandžio 14 d. archyvas pavaldus Lietuvos archyvų departamentui prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės. 2002 m. sausio 1 d. prie Lietuvos centrinio valstybės archyvo prijungtas Lietuvos vaizdo ir garso archyvas. Nuo 2011 m. sausio 1 d. Lietuvos centrinis valstybės archyvas yra pavaldus Lietuvos vyriausiajam archyvarui.

Nepriklausomoje Lietuvoje archyvo direktoriais yra buvę A. Piliponis (1986–1997 m.), R. Čepas (1997–2001 m.), nuo 2001 m. lapkričio 15 d. archyvo direktorius yra Dalius Žižys.

 Lietuvos centrinio valstybės archyvo pastatas O. Milašiaus g.